Le master projets européens offre une formation en apprentissage par alternance, qui permet d’associer expérience professionnelle, formation et préparation du diplôme. Les étudiants apprentis signent un contrat d’apprentissage avec une entreprise, une association déclarée sur le territoire français ou une collectivité publique. Ils sont donc salariés, avec les droits et devoirs qui en découlent. Ils touchent entre 61 % er 81 % du SMIC ou du minimum conventionnel, sont exemptés de charges salariales et non imposables. Ils disposent à leur sortie d’une expérience professionnelle d’un ou deux ans, très appréciée sur le marché du travail. Le coût de la formation est pris en charge par l’employeur et les apprentis sont exonérés de droits d’inscription à l’université.

Ils suivent les mêmes cours que les étudiants en formation initiale en M1 et au premier semestre du M2. Les cours et examens sont les mêmes, et leur diplôme est le même que pour les non-apprenti(e)s. Au second semestre du M2, les apprentis ne partent pas en stage, mais poursuivent leur apprentissage, avec des cours en plus, et un encadrement spécifique est fourni par l’université et par le CFA.

Le master projets européens offre un volume horaire de formation élevé (538 h en M1 et 507 h en M2) et un temps de présence en entreprise très important (plus de 1200 heures), ce qui représente une combinaison fortement professionnalisante et très attractive à la fois pour les étudiants et pour les futurs employeurs. Le rythme est intense et la quantité de travail à fournir est importante, mais l’expérience de l’apprentissage favorise une insertion professionnelle rapide et s’avère en général très satisfaisante pour les étudiants.

Depuis la rentrée 2010, le M1 est ouvert à l'apprentissage. Les étudiants peuvent donc être apprentis dès le M1, pour deux ans, ou en M2, pour un an.